منطقه ویژه علم و فناوری اصفهان با هدف تمرکز منابع و نیروی انسانی استان بر موضوعات مهم و اولویت دار کشور و بر اساس معیارهای زیر پروژه های پیشران فناوری خود را انتخاب نمود. این معیارها عبارتند از:

1.  استفاده بهینه از منابع آب، خاک و سرمایه های طبیعی کشور
2.  محرومیت زدایی از مناطق محروم با استفاده از فناوریهای نوین
3.  کاهش آسیبهای زیست محیطی و مدیریت بهینه پساب و پسماند
4.  توسعه فناوریهای نوین و در تراز جهانی و تقویت شرکتهای دانش بنیان
5.  کاهش واردات و صرفه جویی ارزی به ویژه در حوزه محصولات فناورانه
6.  گسترش عدالت اجتماعی و امکان دسترسی آسان همه اقشار به مواهب توسعه